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과세당국은 위 금액이 세법상 영업권으로서 합병평차익에 해당한다는 전제로 282억원을 익금에 산입한 뒤 매년 감가상각해야 한다고 보고 2015년 3월 법인세 100억여 원(가산세 39억원 포함)을 부과했다.

>>>> 과세당국은 법원의 명을 받고 잘못했음을 인지하고 우리 셀제에게 매우 반성하며 진심어린 100억을 페이백 하기로 했다 ^^



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셀트리온제약이 한서제약을 흡수합병하면서 발생한 회계상 영업권 282억원을 과세대상인 '합병평가차익'에 해당한다고 보고 과세한 것은 위법하다는 법원의 판단이 나왔다.

서울행정법원 행정11부(재판장 부장판사 박형순)는 셀트리온제약이 역삼세무서를 상대로 제기한 법인세부과처분 취소소송에서 "셀트리온제약이 영업권 가액으로 계상한 282억원은 기업회계기준에 따른 것일 뿐, 세법상 자산 인정 요건을 갖췄다고 할 수 없다"며 셀트리온제약의 청구를 인용한 것으로 27일 확인됐다.

셀트리온제약은 2009년 5월 한서제약을 흡수합병하고 회계처리준칙에 따라 약 282억원을 회계장부에 영업권으로 계상했다.

이후 셀트리온은 법인세 신고시 회계상 영업권이 감가상각자산인 영업권에 해당하지 않는다고 판단해 익금에 산입하지 않았고, 세무상 감가상각비로도 손금처리하지 않았다.

과세당국은 위 금액이 세법상 영업권으로서 합병평차익에 해당한다는 전제로 282억원을 익금에 산입한 뒤 매년 감가상각해야 한다고 보고 2015년 3월 법인세 100억여 원(가산세 39억원 포함)을 부과했다.

국세청은 "셀트리온제약이 인수한 한서제약의 영업상 비밀 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 평가해 합병대가를 산정한 것"이라며 "셀트리온이 계상한 영업권 가액은 법인세법상 합병평가차익에 해당한다"고 주장했다.

그러나 셀트리온제약은 "한서제약의 무형의 사업상 가치를 평가해 승계한 것이 아니라 결합회계준칙에 따라 순자산 공정가액과 합병신주 발행가액과의 차이를 회계상 영업권으로 계상한 것에 불과하다"며 국세청의 과세에 반발했다.

이에 대해 법원은 "셀트리온제약과 한서제약의 합병에서 법령에서 정한 영업권의 자산 인정 요건을 갖췄다고 인정되지 않는다"며 "따라서 셀트리온의 회계상 영업권 가액을 합병평가차익으로 보고 과세한 것은 위법하다"고 밝혔다.

재판부는 "법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정해 그 사업상 가치를 평가해 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다"고 전제했다.

이어 "셀트리온제약 스스로 영업권을 감가상각 대상 자산으로 계상한 적이 없는 이 사건에서 합병대가가 한서제약의 순자산 공정가액을 초과한다는 점 등의 사정만으로 과세요건을 갖췄다고 보기 어렵다"고 판단했다.

재판부는 "셀트리온은 한서제약을 흡수합병함으로써 회사 규모를 확대하고 보다 안정적인 사업기반을 조성하기 위함이었던 것으로 보인다"며 "당시 한서제약의 매출액 규모와 주가변동내역에 비춰볼 때 셀트리온제약이 유형적 자산을 뛰어넘는 특별한 초과수익력이 있는 영업권의 가치를 기대해 합병에 이르렀을 것으로 단정할 수 없다"고 봤다.

재판부는 결국 "셀트리온의 영업권이 그 사업상 가치를 별도 평가해 대가가 지급된 것으로서 법인세법상 과세대상인 합병평가차익을 전제로 한 과세는 위법하므로 취소돼야 한다"며 셀트리온제약의 손을 들어줬다. [참고판례 : 2016구합77186]